Dentre as diversas vantagens informadas em posts anteriores que trazem o transporte por Dutos, este acaba sofrento ameaças. Uma das maiores ameaças ao transporte dutoviário é sem dúvida a ação de ativistas e de entidades protetoras do meio ambiente, já que para implantar os dutos, é necessário interromper um ecossistema, que pode ser tanto terrestre, como marítimo, se não os dois.
Outra grande ameaça vem do terrorismo, principalmente nos duto de transporte de combustível e de gás, pois uma explosão nesses dutos poderá acabar com sistema inteiro de oleoduto e gasoduto.